Neste contexto serão referidos biomarcadores de exposição e de efeito.

Os biomarcadores de exposição preferenciais são o próprio composto ou os seus metabolitos diretos. No entanto, o formaldeído sofre um metabolismo bastante rápido e o doseamento do próprio agente ou do seu produto de metabolização, o formato, também rapidamente excretado, não constitui um bom biomarcador, até porque como referido noutras secções, os seus níveis são relativamente constantes (Eikmannet al. 1987).  

Contudo, o formaldeído que não é rapidamente metabolizado, sendo um forte electrófilo, irá reagir com diversos nucleófilos endógenos, como a glutationa, DNA e proteínas.

Relativamente à glutationa, o formaldeído pode formar aductos com a mesma, nomeadamente a N6-hidroximetildesoxiadenosina e a N2-hidroximetildesoxiadenosina (Feldman 1973; McGhee and Von Hippel 1975). Estes compostos foram já testados quanto à sua potencialidade de constituir bons biomarcadores de exposição, mas sem sucesso (Fennell and Health Effects 1994).

Os biomarcadores de efeito são reflexo da citotoxicidade dos compostos , podendo representar danos a nível molecular, celular e até mesmo tecidular (Pina 2010). 

Um desses efeitos é a formação de micronúcleos. A formação deste tipo de estrutura celular é muitas vezes dado como indicativo de probabilidade aumentada de desenvolver cancro (Bonassi et al. 2006). Já foi várias vezes relatado uma relação directa ente exposição ocupacional a formaldeído e um aumento da frequência de micronúcleos em células sanguíneas, nomeadamente linfócitos (Schmid and Speit 2006).

Também determinados biomarcadores de efeito imunológicos, nomeadamente  IgG e IgE dirigidos ao formaldeído conjugados com a albumina sérica, têm sido estudados quanto ao seu potencial para constituir biomarcadores de exposição ao formaldeído. Alguns estudos demonstram uma relação linear entre o aumento da exposição a este agenmte e o aumento dos níveis séricos dos conjugados referidos (Thrasher et al. 1990; Thrasher et al. 1988; Thrasher et al. 1989; Thrasher et al. 1987); outros não demonstram essa relação (Dykewicz et al. 1991; Grammer et al. 1990; Patterson et al. 1989).

Assim, esta resposta imunológica parece não ter utilidade para ser utilizada como biomarcador de exposição, excepto em indivíduos fumadores, nos quais um estudo revelou haver uma relação estatisticamente significativa entre a presença de anticorpos específicos para o formaldeído e a exposição ocupacional a este agente (Carraro 1997).

Outra possibilidade é a utilização dos cross-links entre DNA e proteínas induzidos pelo formaldeído, como biomarcadores.Um estudo realizado com leucócitos demonstrou a existência de uma relação linear entre o tempo de exposição ao formaldeído e a quantidade de cross-links presentes nestas células, numa população de indivíduos expostos a níveis elevados do agente, comparativamente a um grupo de controlo. Desta forma, os cross-links entre DNA e proteínas parecem poder ser utilizados como um indicador do dano causado e como um biomarcador de exposição ocupacional ao formaldeído. Contudo, é importante ressalvar que o método utilizado quantifica os cross-links formados totais e não queles induzidos especificamente pelo formaldeído, o que poderá constituir uma limitação, já que outros agentes podem ter também este efeito (Shaham et al. 1996).